Aangenomen wordt dat de eerste bekende toepassing van cryptografie het gebruik is van speciale hiërogliefen ongeveer 4000 jaar geleden in het oude Egypte. Elementen van cryptografie werden al gevonden in de inscripties van het Oude en Middenrijk, volledig cryptografische teksten zijn bekend sinds de periode van de XVIII-dynastie. Hiëroglifisch schrift, afgeleid van pictografie, was vol ideogrammen en maakte het, als gevolg van het gebrek aan vocalisatie, mogelijk om fonogrammen te maken volgens het principe van puzzels.
Cryptografie van de Egyptenaren werd niet gebruikt om het lezen moeilijk te maken, maar waarschijnlijker, met de wens van schriftgeleerden om elkaar te overtreffen in humor en vindingrijkheid, en ook, met behulp van ongebruikelijk en mysterieus, om de aandacht te vestigen op hun teksten. Een van de illustratieve voorbeelden zijn de verheerlijkingsteksten van de edelman Khnumhotep II (XIX eeuw voor Christus) gevonden in een goed bewaard gebleven tombe nr. BH 3 in het gebied van Beni Hasan.
De oude Egyptenaren gebruikten minstens drie versleutelingssystemen.
In de oude Indiase teksten worden onder de 64 kunsten methoden genoemd om de tekst te veranderen, waarvan sommige kunnen worden toegeschreven aan cryptografische. De auteur van de tablet met het recept voor de vervaardiging van glazuur voor aardewerk uit Mesopotamië gebruikte zeldzame aanduidingen, liet letters weg en verving namen door cijfers om te verbergen wat er was geschreven. In de toekomst zijn er verschillende verwijzingen naar het gebruik van cryptografie, waarvan de meeste betrekking hebben op gebruik in militaire aangelegenheden.
Met de komst van fonetisch schrijven werd het schrijven onmiddellijk vereenvoudigd. In het oude Semitische alfabet in het tweede millennium voor Christus waren er slechts ongeveer 30 tekens. Ze duidden medeklinkers aan, evenals enkele klinkers en lettergrepen. De vereenvoudiging van het schrijven leidde tot de ontwikkeling van cryptografie en codering.
Voorbeelden van het gebruik van cryptografie zijn te vinden in de heilige Joodse boeken, waaronder het boek van de profeet Jeremia (6e eeuw voor Christus), waar een eenvoudige versleutelingsmethode, atbash genaamd, werd gebruikt. In plaats van de eerste letter van het alfabet schreven ze de laatste, in plaats van de tweede - de voorlaatste, enzovoort.
Een van de oudst bekende cryptografische apparaten is de skitala, ook wel bekend als het "cijfer van het oude Sparta". Skitala (of scitala van het Griekse σκυτάλη, toverstaf) is een apparaat dat wordt gebruikt om permutatie-encryptie uit te voeren. De skitala bestond uit een cilinder en een smalle strook perkament die er in een spiraal omheen was gewikkeld, waarop een bericht was geschreven. Dit apparaat is uitgevonden door de Spartanen en het is bekend dat het werd gebruikt in de oorlog van Sparta tegen Athene aan het einde van de 5e eeuw voor Christus. e.