Deelnemers van het Genome 10K-consortium aan de jaarlijkse conferentie, die nu plaatsvindt in New York, kondigden de lancering aan van het internationale project "Vertebrate Genomes", dat tot taak heeft de genomen te verzamelen van alle 66 duizend gewervelde soorten die vandaag op de planeet leven. Gizmodo vertelt meer over de doelen en doelstellingen van het project.
In 2009 richtten de Amerikaanse biologen David Haussler, Oliver Ryder en Stephen O'Brien het Genome 10K-project op, met als doel om 10.000 gewervelde genomen te sequencen. In eerste instantie namen 55 wetenschappers uit grote dierentuinen, onderzoekscentra en musea deel aan het project. In eerste instantie was het niet duidelijk hoe lang het zou duren om genomen van voldoende kwaliteit te assembleren. Maar met de verlaging van de kosten en de vereenvoudiging van sequentiemethoden, werd het duidelijk dat het project zijn taken binnen een paar jaar zou voltooien. In de afgelopen drie jaar hebben de projectdeelnemers de belangrijkste technologieën voor DNA-sequentiebepaling en analyse van de verkregen resultaten met elkaar vergeleken om degene te kiezen die "platina-genomen" zal creëren.
Gisteren kondigden Genome 10K-leden de lancering aan van een nieuw Vertebrate Genome Project, dat tot doel heeft mannelijke en vrouwelijke genomen van 66.000 gewervelde soorten te verzamelen. Bij het project zijn 150 wetenschappers betrokken die 50 organisaties uit 12 landen vertegenwoordigen. Volgens een van de oprichters van het project, Oliver Ryder, zullen biologen daardoor in staat zijn om de redenen voor het uitsterven van soorten te begrijpen, inclusief of er nauw verwante kruisingen zijn geweest in de geschiedenis van de soort, 'bottlenecks', waardoor de genetische diversiteit van de soort of deleties - mutaties die 'kunnen uitschakelen' »Genen die nodig zijn voor het overleven van het organisme.
Samen met de aankondiging van het nieuwe project presenteerden wetenschappers onmiddellijk de eerste resultaten van hun werk: de genomen van 15 soorten gewervelde dieren, waaronder de met uitsterven bedreigde kakapo-uilpapegaai, endemisch in Nieuw-Zeeland, en het Australische vogelbekdier. Deze en alle andere genomen die de onderzoekers willen verzamelen, zullen worden gepubliceerd in het publieke domein, in de Noah's Ark Genomic-database.
De deelnemers zijn van plan om korte stukjes genomisch DNA te sequencen en steeds langere sequenties ervan te verzamelen tot aan het hele chromosoom, en ze vervolgens te "lijmen" met behulp van speciaal voor het project ontwikkelde algoritmen.
Eerder konden onderzoekers het genoom van een persoon lezen op een pocketsequencer ter grootte van een smartphone. Het apparaat vestigde het record voor de langste aflezing van een DNA-molecuul, het was in staat om sequenties tot 882 duizend basenparen te sequencen.
Ekaterina Rusakova
