Verslag over de resultaten van genetische analyse van weefselmonsters van mummies gevonden in Peru. Dit rapport is opgesteld in november 2018.
Artiesten
- CEN4GEN labs (6756-75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Monstervoorbereiding en sequencing.
- ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexico) - analyse van computergegevens.
Na een voorlopige kwaliteitsanalyse zijn uit 7 ingezonden monsters 3 monsters genomen voor verdere analyse.
Monsters voor analyse
| Aanwijzing | originele naam | Voorwaardelijke naam | Afbeelding |
| Oud-0002 | Neck Bone Med Seated 00-12 Victoria 4 | Victoria | Afb.3.117 |
| Oud-0003 | 1 hand 001 | Aparte hand met 3 vingers | Figuur 3.118 |
| Oud-0004 | Momia 5 - DNA | Victoria | Afb.3.117 |
Voor deze monsters zijn de volgende bewerkingen uitgevoerd:
Promotie video:
- Extractie van DNA.
- DNA-kwaliteitscontrole.
- DNA-vermenigvuldiging.
- DNA-bibliotheek maken.
- DNA sequentie.
- Vorming van gezuiverde gesequentieerde gegevens.
- Kwaliteitscontrole.
- Voorlopige analyse door overlappende DNA-uitlezingen op het menselijk genoom.
- Analyse voor de isolatie van korte DNA-waarden die typerend zijn voor oud DNA.
- Overlay van Ancient0003 DNA leest op bestaande menselijke genoombibliotheken.
- Mitochondriale analyse voor de detectie van D-loop-varianten en andere informatieve sites voor de bepaling van mitochondriale haplotypes.
- Bepaling van het geslacht van monsters Ancient0003.
- Identificatie van mogelijke vreemde organismen in monsters.
- Analyse van DNA-databases om overeenkomsten met bekende organismen te identificeren.
Figuur 3.117. Monsters uit Victoria's nek halen.
Om mogelijke soorten organismen die aanwezig zijn in de monsters Ancient0004 en Ancient0002 (Victoria) te identificeren, werd DNA-sketching uitgevoerd (Ondov et al., 2016), waarbij groepen korte fragmenten, k-mers, werden vergeleken met de beschikbare databases. De BBTools-software is gebruikt.
De volgende organismen zijn getest:
- Bacteriën.
- Virus.
- Plasmiden.
- Fagen.
- Schimmels.
- Plastid.
- Diatomeeën.
- Mens.
- Bos Taurus.
- H penzbergensis.
- PhaseolusVulgaris.
-
Mix2: Label voor de volgende genomen:
- Lotus japonicus chloroplast, compleet genoom.
- Canis lupus familiaris cOR9S3P olfactorische receptorfamilie 9 subfamilie S pseudogen (cOR9S3P) op chromosoom 25.
- Vigna radiata mitochondrion, compleet genoom.
- Millettia pinnata chloroplast, compleet genoom.
- Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, shotgun-sequentie van het hele genoom.
- Asinibacterium sp. OR53 scaffold1, hele genoom shotgun-sequentie.
- Bacillus firmus stam LK28 32, hele genoom shotgun sequentie.
- Bupleurum falcatum chloroplast, compleet genoom.
- Alicycliphilus sp. B1, shotgun-sequentie van het hele genoom.
- Bacillus litoralis stam C44 Scaffold1, sequentie van shotgun van het hele genoom.
- Chryseobacterium takakiae stam DSM 26898, sequentie van shotgun met het hele genoom.
- Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
- Bacillus halosaccharovorans stam DSM 25387 Scaffold3, hele genoom shotgun sequentie.
- Rhodospirillales-bacterie URHD0017, sequentie van shotgun van het hele genoom.
- Bacillus onubensis stam 10J4 10J4_trimmed_contig_26, hele genoom shotgun sequentie.
- Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, shotgun-sequentie van het hele genoom.
- Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, sequentie van shotgun met het hele genoom.
-
Gewervelde dieren: label voor de volgende genomen:
- Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
- bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
- bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
- GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
- GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
- GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
- GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
- Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
- rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
- Protozoa.
Figuur 3.118. Afbeelding en röntgenfoto van twee drievingerige handen.
Na alle filters werden 27974521 reads voor Ancient0002 en 304785398 reads voor Ancient0004 ontvangen. Hieruit blijkt dat 27% van het DNA van het Ancient0002-monster en 90% van het DNA van het Ancient0004-monster niet kan worden geïdentificeerd met de geanalyseerde DNA-monsters van de organismen uit de beschikbare databases.
De volgende fase van de analyse werd uitgevoerd met behulp van de megahit v1.1.3-software (Li et al., 2016). Het volgende resultaat werd verkregen:
- Ancient0002: 60852 contigs, totaal 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, gem 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) geassembleerde reads.
- Ancient0003: 54273 contigs, totaal 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, gem 972 bp, N50 1200 bp, 20.247.568 (65,69%) geassembleerde reads.
Het analyseresultaat wordt weergegeven in de figuur.
Figuur 3.116. Verhouding van geclassificeerde reads voor 28073655 Ancient0002 reads (bovenste grafiek) en 25084962 Ancient0004 reads (onderste grafiek) in vergelijking met 34904805 DNA-base die 1109518 taxonomische groepen vertegenwoordigt.
Gevolgtrekking
Als resultaat van de analyse werd aangetoond dat de monsters Ancient0002 en Ancient0004 (Victoria) niet overeenkomen met het menselijk genoom, terwijl het monster Ancient0003 goed overeenkomt met het menselijke.
Commentaar door Korotkov K. G
Merk op dat de drievingerige hand toebehoorde aan een groot wezen, vergelijkbaar in grootte met Maria, en het verkregen resultaat komt overeen met het resultaat van Maria's DNA-analyse. Victoria is een vertegenwoordiger van "kleine wezens", en het resultaat laat zien dat hun DNA niet overeenkomt met welke moderne aardse wezens dan ook. Natuurlijk hebben we geen gegevens over oude wezens die in de loop van miljoenen jaren zijn verdwenen.
Links
- Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: uitgebreide en zeer nauwkeurige taxonomische classificatie van korte gelezen gegevens in een redelijke tijd. Genoomonderzoek, 28 (5), 751-758.
- Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Vergelijking van de prestaties van drie oude DNA-extractiemethoden voor sequencing met hoge doorvoer. Moleculaire ecologiebronnen, 16 (2), 459-469.
- Huang, W., Li, L., Myers, JR en Marth, GT (2012). ART: een sequencing-leessimulator van de volgende generatie. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
- Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Een snelle en schaalbare metagenoom-assembler aangedreven door geavanceerde methodologieën en gemeenschapspraktijken. Methods, 102, 3-11.
- Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mash: snelle schatting van genoom- en metagenoomafstand met MinHash. Genome Biology, 17 (1), 132.
- Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterisering van oude en moderne genomen door SNP-detectie en fylogenomische en metagenomische analyse met PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
- Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: analyse van sequentiegegevens van de volgende generatie van menselijk mitochondriaal DNA in de cloud. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
- Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: een snelle en nauwkeurige Illumina Paired-End reAd mergeR. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.
Materiaal geleverd door Konstantin Georgievich Korotkov (doctor in de technische wetenschappen, professor, universiteit voor informatietechnologie, mechanica en optica) en Dmitry Vladislavovich Galetsky (kandidaat voor medische wetenschappen, I. P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University)
