Wetenschappers hebben in het varkensgenoom een familie van unieke korte herhalingen ontdekt die evolutionaire overeenkomsten vertonen met vergelijkbare herhalingen bij primaten.
Wetenschappers van de Jilin University (Changchun, China) en de Academie voor Landbouwwetenschappen (Heilongjiang, China) namen deel aan het project in samenwerking met Firefly BioWorks Corporation (VS).
Na analyse van de structuur en oorsprong van PRE-1 (varkensherhalingselement, letterlijk - "varkensherhalend element"), kwamen ze tot de conclusie dat de naaste verwanten van primaten op het voormalige supercontinent Laurasia varkens zouden kunnen zijn. De voordruk van het onderzoek is op 31 augustus 2015 op de bioRxiv-server gepubliceerd.
Het bestudeerde CDP (short dispersed repeat) PRE-1 bevindt zich in het intergene gebied, ongeveer 686 ~ 985 basenparen vóór de start van het gen dat codeert voor het insulinegroeifactor-bindende eiwit (IGFBP7). De herhaalde PRE-1-sequentie van 299 basenparen werd vergeleken met 40 verschillende Alu-herhalingen van primaten, en er werden significante overeenkomsten gevonden zowel in de sequenties zelf als in het patroon van de verdeling van hun herhalingen over chromosomen.
De voorspelde secundaire structuur van RNA-herhalingen PRE-1 gevouwen tot een model vergelijkbaar met Alu-herhalingen. Ten slotte suggereerde de gemeenschappelijke oorsprong van PRE-1 en Alu uit het zogenaamde 7SL-RNA (signaalherkennings-RNA) hun evolutionaire gelijkenis en werden varkens toegeschreven aan de familie, die voornamelijk primaten omvat.
Voorheen vertrouwden wetenschappers bij het bouwen van fylogenetische bomen alleen op de overeenkomsten en verschillen van genen, waarbij ze het feit negeerden dat het hele genoom in de loop van de evolutie veranderingen onderging, inclusief die elementen die niet coderen voor eiwitten of RNA en waarvan de betekenis nog grotendeels onduidelijk is voor wetenschappers.
Promotie video:
Deze studie, gebaseerd op een geïntegreerde benadering van de analyse van intergene elementen, levert volgens de auteurs "zeer overtuigende" feiten op waaruit evolutionaire conclusies kunnen worden getrokken. In het bijzonder, volgens deze resultaten, verschuift de geschatte tijd van divergentie van soorten van 65 naar 80-100 miljoen jaar geleden.
